Seiring dengan perkembangan jaman Pesantren Miftahul Hidayah berusaha meningkatkan pelayanan dengan mendirikan lembaga formal yaitu Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA) dengan tidak melepaskan ciri khas salafiyahnya.
VISI
Terwujudnya pribadi yang berakhlaqul karimah, beramal ilmiah dan berilmu amaliah untuk menjadi Muslim Profesional berlandaskan iman dan takwa.
MISI
Membangun dan mengembangkan ilmu pengetahuan serta mengupayakan agar para santri mampu berakhlaqul karimah dan mendapatkan ilmu yang bermanfa'at dengan 3 (tiga) target :
- Ulama Al-Amilin (Ulama yang mengamalkan ilmunya)
- Imam Al-Muttaqin (Pemimpin yang bertakwa)
- Muttaqin (Orang yang bertakwa)